愛慈是以上帝的愛心與慈悲於1999年成立，初期以愛滋預防教育為主體；2000年設立國內第一所愛滋病末期病患安寧照護家園，2016年完成階段性任務。
2004年國內毒品靜脈注射嚴重，愛慈看見藥毒癮愛滋媽媽無力照顧藥毒癮愛滋新生兒，因此，2005年增設「台北市私立恩典之家寶寶照護中心」，專責照護0-2歲疑似(確診)愛滋寶寶；近年以有毒品戒斷症候群(藥毒癮)與遭受家庭不當照顧的寶寶為主要服務對象。
2010年因確診愛滋黑寶屆齡2歲，卻苦無其他機構願意接納。愛慈回應政府政策，設立「兒少團家」，以「類家庭」照顧模式，提供確診愛滋與特殊需求兒少中長期安置服務。